Jan Bauer je autorem více než dvou set knižních titulů. Píše literaturu faktu a historické detektivky a romány. Čtenářsky oblíbené jsou jeho řady s novoměstským rychtářem Jakubem Protivou z Protivce a mnichem Blasiem, či s královským soudcem Melicharem. S Otomarem Dvořákem připravil televizní seriál o Janu Žižkovi.